TORONTO (Ontario) (Le 20 mars 2020) – DNAstack a présenté aujourd’hui sa plateforme Beacon dédiée au SARS-CoV-2, mieux connu sous le nom de COVID-19. Accessible à l’adresse covid-19.dnastack.com, elle aidera les scientifiques et la collectivité médicale à partager et à obtenir de l’information concernant la génétique du virus, et ce, en temps réel.
La COVID-19 est rapidement devenue une pandémie d’envergure mondiale, comptant jusqu’à présent plus de 209,800 cas confirmés et 8,770 décès dans près de 168 pays[1]. Les analyses des génomes viraux ainsi que les données cliniques et épidémiologiques recueillies permettent de suivre l’évolution du virus et de déterminer les modes de transmission. Elles pourraient également permettre d’établir les structures à cibler pour les diagnostics, les traitements et les vaccins.
Évolution du nouveau coronavirus 2019 (nCoV-2019). Source : Centers for Disease Control and Prevention (CDC).
Marc Fiume, PDG de DNAstack, affirme ceci : « Un besoin urgent se fait sentir de coordonner nos efforts face à ce virus. Nous implorons donc les chercheurs et les cliniciens du monde entier de publier ouvertement les données biologiques et génétiques à l’échelle mondiale pour combattre la COVID-19. L’information que nous détenons concernant le virus évolue d’heure en heure à mesure que les chercheurs et les cliniciens amassent des données et les analysent. DNAstack cherche à mettre à profit ses technologies pour favoriser la découverte et l’analyse de données biomédicales ainsi qu’en faciliter l’accès afin de soutenir les chercheurs qui étudient le virus, en commençant par la plateforme Beacon. Cette plateforme dédiée à la COVID-19 permet de partager instantanément l’information concernant les variantes génétiques au moyen d’un logiciel qui respecte une norme internationale ouverte. »
Les chercheurs peuvent utiliser la nouvelle plateforme Beacon pour découvrir des séquences portant des mutations génétiques précises et retracer leurs origines tant sur le plan géographique qu’évolutif. La plateforme intègre des données dérivées provenant de banques de séquences génétiques telles que GISAID et qui sont liées aux graphiques sur l’évolution des pathogènes de Nextstrain. Le partage des informations génomiques au moyen d’un service infonuagique pourrait nous permettre d’élargir nos connaissances à une vitesse et à une portée qui ne serait autrement pas possibles, et de trouver de nouvelles façons de combattre le virus.
La plateforme Beacon dédiée à la COVID-19 permet aux chercheurs de trouver les mutations génétiques présentes dans les génomes viraux et de retracer leurs origines tant sur le plan géographique qu’évolutif.
L’effort d’ADNstack pour créer des logiciels fondamentaux pour la recherche biomédicale collaborative a été stimulé par son adhésion au Digital Technology Supercluster, une collaboration interprofessionnelle de diverses organisations qui vise à positionner le Canada comme un leader mondial des technologies numériques tout en résolvant les problèmes les plus difficiles de l’industrie et de la société.
«DNAstack a démontré un leadership remarquable dans son approche innovante et collaborative pour trouver une solution pour la COVID-19», a déclaré Sue Paish, PDG, Digital Technology Supercluster. «L’opportunité mondiale d’agréger, de suivre et de partager des données en temps réel entre les communautés médicales a un énorme potentiel pour débloquer un remède contre le virus. Au nom du Digital Supercluster, nous sommes fiers et optimistes de nous associer à DNAstack afin d’accélérer l’impact de ce projet.»
En créant une alliance entre des petites et grandes entreprises, des organismes de recherche et des organismes gouvernementaux, la Supergrappe vise à exercer une influence sur l’industrie à une vitesse et à une portée qui seraient hors d’atteinte sans collaboration. La Supergrappe gère des investissements fournis par le gouvernement du Canada dans le cadre de l’Initiative des supergrappes d’innovation ainsi que par les entreprises publiques et privées qui en sont membres.
Pour créer ce service, DNAstack a mis à profit une norme technique existante ayant alimenté des millions de recherches dans le cadre de milliards de mutations génétiques trouvées chez des patients humains afin de favoriser la découverte en temps réel de mutations dans certaines structures du virus séquencées à travers le monde. La plateforme Beacon dédiée à la COVID-19 est conforme à l’interface de programmation Beacon, un protocole à code source libre reconnu mondialement et mis en place par l’organisation Global Alliance for Genomic and Health (GA4GH). Le système est déployé sur Microsoft Azure, une plateforme infonuagique d’envergure mondiale qui permet aux chercheurs de profiter de capacités et d’un contrôle d’accès aux données sans précédent à mesure que les fonctions d’analyses et les données cliniques sont intégrées.
«Nous sommes fiers de soutenir des innovateurs comme DNAstack grâce à notre adhésion au Digital Technology Supercluster», a déclaré Kevin Peesker, président de Microsoft Canada. «Cette solution proposée par DNAstack contribuera à rapprocher les chercheurs en cette période difficile.»
La plateforme Beacon dédiée à la COVID-19 représente une première étape quant aux efforts de DNAstack pour soutenir le milieu de la recherche grâce à des outils basés dans le nuage qui favorisent la découverte, le partage et l’informatisation de données liées au virus, et qui en facilitent l’accès. Ce service a pour but d’aider à partager les données concernant la COVID-19 à grande échelle et de connecter un écosystème mondial de générateurs et de chercheurs de données. DNAstack invite les personnes qui souhaitent rendre des données accessibles au moyen de ce service ou s’en servir aux fins d’analyse à communiquer avec nous.
À propos de DNAstack
DNAstack a pour mission d’améliorer la vie de millions de personnes en abolissant les frontières du partage et de la découverte de données. DNAstack met sur pied des normes et des technologies pour les scientifiques afin de permettre de rechercher et d’analyser plus efficacement le volume sans cesse grandissant de données génomiques et biomédicales, et d’y accéder plus facilement Pour obtenir de l’aide supplémentaire ou pour nous signifier votre intérêt à collaborer avec nous, veuillez écrire un courriel à l’adresse [email protected].
Pour les demandes des médias DNAstack, veuillez contacter Christine Beyaert au [email protected] ou au 647–968–7270. Pour les demandes des médias liées au Digital Technology Supercluster, veuillez contacter Elysa Darling à [email protected] ou 587–890–9833.
[1] Organisation mondiale de la santé, Novel Coronavirus (COVID-19) Situation: https://experience.arcgis.com/experience/685d0ace521648f8a5beeeee1b9125cd. Accédé le 20 mars 2020
